Bij zijn verhuizing in 1990 naar de Vlamingenstraat 39 beschikte KADOC KU Leuven daar over een nieuw, ondergronds depot. Al na enkele jaren bleek de bewaarcapaciteit daarvan ontoereikend. Daarom werd in samenspraak met de KU Leuven gekozen voor een nieuwbouw buiten het stadscentrum.

Het depot KADOC II is gelegen aan de De Croylaan in Heverlee en heeft een totale nuttige oppervlakte van 3.150 m². Het gebouw is zo ingeplant en opgevat dat in de toekomst een verdere modulaire aanbouw mogelijk is. 

Het gebouw heeft drie functionele zones, afgestemd op de hedendaagse arbeidsprocessen voor documentatieverwerking: voorlopige opslag, schoning en ontsluiting. Binnenkomende archieven en boeken worden opgevangen in het opvangmagazijn, een gelijkvloers gelegen industriële hal waar het materiaal wordt gestapeld in tot vier niveaus hoge palletrekken met een totale capaciteit van 780 palletten. Het voorlopig gestockeerde materiaal wordt toegankelijk gemaakt in drie aangrenzende en ruime werklokalen. In een afgesloten quarantaineruimte wachten door schimmel of ongedierte aangetaste documenten op een aangepaste behandeling. Eens de archieven zijn geïnventariseerd en verpakt in zuurvrije mappen en archiefdozen, worden ze ondergebracht in de drie hoger gelegen geklimatiseerde archiefmagazijnen, die een totale capaciteit hebben van 23 strekkende kilometer archief. Samen met het pallettenmagazijn heeft het tweede erfgoedmagazijn van KADOC een totale capaciteit van dertig strekkende kilometer archief.

Raadpleging van de collecties gebeurt niet in KADOC II, maar in de leeszaal van KADOC in de Vlamingenstraat. Tussen beide locaties bestaat een pendeldienst.